Los glucosinolatos (GSLs) son metabolitos secundarios de las plantas que se encuentran en altas concentraciones en la colza y especies relacionadas, y desempeñan roles importantes en la defensa debido a sus propiedades antinutritivas y tóxicas. Aquí, realizamos un estudio de asociación a nivel genómico de seis metabolitos de glucosinolato (mGWAS) en colza, incluyendo tres glucosinolatos alifáticos (m145 gluconapina, m150 glucobrasicanapina y m151 progitrina), un glucosinolato aromático (m157 gluconasturtina) y dos glucosinolatos indólicos (m165 glucosinolato indolilmetílico y m172 4-hidroxiglucobrasicina), respectivamente. Identificamos 113 intervalos candidatos significativamente asociados con estos seis metabolitos de glucosinolato. En las regiones genómicas vinculadas a los picos de mGWAS, se predijeron 187 genes candidatos involucrados en la biosíntesis de glucosinolatos (por ejemplo, , , y ) y genes novedosos (por ejemplo, , , , y ) basados en el mGWAS, combinado con el análisis de genes diferencialmente expresados. Nuestros resultados proporcionan información sobre la base genética de la biosíntesis de glucosinolatos en colza y deberían facilitar la cría basada en marcadores para mejorar la calidad de las semillas en las especies.