Los desechos agrícolas de la industria de frutas y verduras se utilizan como una fuente alternativa de alimento para animales, pero se requieren investigaciones detalladas. El objetivo de este trabajo fue realizar una caracterización fisicoquímica, a través de técnicas analíticas, de los desechos de frutas y verduras como los de manzanas doradas, manzanas rojas, zanahorias, apio, remolachas y cáscaras de papas rojas. Los compuestos bioactivos en las muestras indicaron un alto contenido de carbohidratos de 50.38 g/100 g en manzanas doradas y 59.38 mg/100 g de ácidos orgánicos en apio. Además, el contenido fenólico total (TPC, mg equivalente de ácido gálico/g de peso seco) varió entre 3.72 en apio y 15.51 en remolachas. Los valores de capacidad antioxidante fueron significativos. Un análisis térmico mostró estabilidad térmica y pérdida de peso, subrayando la composición de las muestras sólidas. Un análisis de espectroscopía infrarroja (FTIR) mostró grupos funcionales C-H, O-H, C=O y N-H en carbohidratos no almidonados, ácidos orgánicos y proteínas. Las técnicas microscópicas revelaron la microestructura, el tamaño de partícula y el perfil semicristalino de las muestras. La ultraestructura (determinada a través de la microscopía de fuerza atómica (AFM)) del apio consistió en una superficie lisa y uniforme con una textura de lignina y celulosa. Estos resultados resaltan la importancia de los desechos de frutas y verduras como una fuente alternativa de nutrientes esenciales y compuestos bioactivos para el alimento animal.