Los suelos desempeñan roles importantes en el correcto funcionamiento de los agroecosistemas. Utilizando métodos de caracterización molecular como el metabarcoding, se compararon suelos de ocho fincas (57 muestras) pertenecientes a tres tipos de sistemas de producción: agroecológico (dos fincas con veintidós puntos de muestreo), orgánico (tres fincas con veintiún puntos de muestreo) y convencional (tres fincas con catorce puntos de muestreo) de las aldeas rurales de El Arenillo y El Mesón en Palmira, Colombia. Se realizó la amplificación y secuenciación de la región hipervariable V4 del gen 16S rRNA utilizando secuenciación de nueva generación (Illumina MiSeq) para estimar la composición bacteriana y la diversidad alfa y beta presente. En todas las muestras de suelo, encontramos 2 dominios (Archaea y Bacteria), 56 filos, 190 clases, 386 órdenes, 632 familias y 1101 géneros presentes. Los filos más abundantes en los tres sistemas fueron Proteobacteria (agroecológico 28%, orgánico 30% y convencional 27%), Acidobacteria (agroecológico 22%, orgánico 21% y convencional 24%) y Verrucomicrobia (agroecológico 10%, orgánico 6% y convencional 13%). Encontramos 41 géneros fijadores de nitrógeno y disolventes de fosfato que promueven el crecimiento y patógenos. Los índices de diversidad alfa y beta fueron muy similares en los tres sistemas de producción agrícola, como lo refleja la presencia de variantes de secuencia de amplicón compartidas (ASVs) entre ellos, probablemente debido a la proximidad de los sitios de muestreo y a cambios recientes en la gestión.