Estudiamos la diversidad fúngica presente en suelos muestreados a lo largo de una cronosecuencia deglaciada desde condiciones para- hasta periglaciares en la Isla James Ross, en el noreste de la Península Antártica, utilizando metabarcoding de ADN. Se detectaron un total de 88 variantes de secuencia de amplificación (ASVs), dominadas por los filos , y . Se detectaron los filos poco comunes , , , y . Hongos desconocidos identificados en niveles taxonómicos jerárquicos más altos (Fungal sp. 1, Fungal sp. 2, sp. y sp.) y taxones identificados a niveles genéricos y específicos (sp., sp., , , , sp. y sp.) dominaron los ensamblajes. En general, los ensamblajes mostraron alta diversidad y riqueza, y dominancia moderada. Solo 12 de los ASVs fúngicos fueron detectados en todos los suelos de la cronosecuencia muestreados. Se detectaron secuencias que representan hongos saprófitos, patógenos y simbióticos. Basado en la diversidad de secuencias obtenida, los suelos de Clearwater Mesa contienen una comunidad fúngica compleja, incluyendo la presencia de grupos fúngicos generalmente considerados raros en la Antártida, con taxones dominantes reconocidos como hongos cosmopolitas adaptados al frío, endémicos, saprófitos y fitopatógenos. Los ecosistemas de Clearwater Mesa están impactados por los efectos de los cambios climáticos regionales y pueden proporcionar un observatorio natural para entender los efectos del cambio climático a lo largo del tiempo.