Los flavonoides desempeñan un papel crucial en el desarrollo de las plantas, la resistencia y la pigmentación de frutas y flores. Este estudio tuvo como objetivo descubrir el mecanismo de biosíntesis de flavonoides y el color de la fruta en las uvas muscadine. Se investigaron dos genotipos de muscadine (Paulk y Supreme) a través de análisis metabolómicos y transcriptómicos durante tres etapas de desarrollo (cierre del racimo, etapa de envero y etapa de maduración). Se identificaron un total de 314 flavonoides, siendo las flavonas y flavonoles los principales constituyentes. Los contenidos de muchos metabolitos acumulados diferencialmente (DAMs) fueron más altos en la etapa de envero. El contenido total de antocianinas se reguló al alza durante el desarrollo de la baya, siendo el tipo dominante de antocianidina-3,5-O-diglucósido. Los proantocianidinas acumularon niveles más altos en la etapa de maduración de Paulk que en Supreme. Los análisis transcriptómicos revelaron que más del 46% de los DEGs mostraron niveles de expresión más altos en la etapa de cierre del racimo. Además, los genes (), (), y () se regularon al alza durante el desarrollo de la baya, sugiriendo que promueven la biosíntesis de metabolitos secundarios. La regulación al alza de () y () puede estar relacionada con los niveles más altos de PA en Paulk. () y (UFGT) mostraron niveles de expresión más altos en la etapa de maduración, lo que puede estar relacionado con la acumulación de antocianidinas. Este estudio proporciona una visión integral sobre el metabolismo de flavonoides y la coloración de las bayas en .