Las infecciones virales representan una amenaza crítica para las especies de plantas cultivadas. En el cultivo de papaya, dos enfermedades virales: el mosaico de papaya (causado por el virus de la mancha anular de la papaya tipo P-PRSV-P) y la enfermedad pegajosa de la papaya (causada por un complejo viral de virus de la meleira de la papaya-PMeV y virus de la meleira de la papaya-PMeV2) son prevalentes y capaces de devastar plantaciones enteras, incurriendo en pérdidas económicas sustanciales. Las prácticas diagnósticas actuales se basan en la identificación visual de síntomas y la eliminación de plantas infectadas (deshoje). Monitorear la eficiencia fotosintética en huertos propensos a la coinfección por PRSV-P y PMeV2 puede permitir una intervención temprana, mitigando las pérdidas de productividad y reduciendo la calidad de la fruta. Este estudio tuvo como objetivo evaluar la fluorescencia de clorofila como un biomarcador para el deterioro fotosintético y la gravedad de los síntomas en papayas infectadas con PRSV-P y/o PMeV2 y explorar la viabilidad de la detección temprana de la infección por estos patógenos duales, como un estudio exploratorio en condiciones de campo. La fluorescencia de clorofila reveló detalles sobre la fisiología de las plantas coinfectadas con el complejo de PMeV2 y PRSV-P: la fuerza motriz electrónica dentro de PSII disminuye en plantas infectadas y en aquellas sin síntomas visuales de infección, siendo proporcional a la edad y etapa de desarrollo de las plantas. Se observó una desaceleración en el turno de transferencia de electrones múltiples de PSII y una disminución en la eficiencia de las reacciones redox del fotosistema I en plantas con o sin detección visual de infección. La evidencia generada sugiere que la técnica de fluorescencia de clorofila puede ser utilizada para monitorear el estado patofisiológico de las plantas bajo estrés biótico.