El conocimiento de la diversidad genética y los genes de resistencia de los genotipos es esencial para identificar recursos genéticos que estén mejor adaptados a las condiciones climáticas actuales. Este estudio tuvo como objetivo caracterizar molecularmente y evaluar la diversidad genética de las plantas de café cultivadas en Rondônia (Amazonia), Brasil, utilizando marcadores moleculares SNP, e identificar plantas que portan genes de resistencia a dos enfermedades principales del café: la roya y la enfermedad de la baya del café (CBD). El análisis de diversidad genética reveló cinco grupos principales: el Grupo II incluyó 33 genotipos, principalmente de la variedad botánica Robusta; el Grupo III contenía 18 genotipos de la variedad Conilon; el Grupo V, el más grande, comprendía 85 genotipos, en su mayoría híbridos entre Robusta y Conilon. Los Grupos I y IV mostraron menos genotipos, más divergentes. Los marcadores moleculares vinculados a genes de resistencia permitieron la identificación de clones con alelos de resistencia apilados para ambas enfermedades. Tres genotipos exhibieron una configuración piramidal completa, mientras que otros mostraron diferentes combinaciones de loci de resistencia. Los patrones de marcadores también permitieron la clasificación de genotipos según su origen, variedad y genealogía. Estos hallazgos proporcionan una base valiosa para guiar los cruces en programas de mejoramiento que buscan desarrollar clones e híbridos resistentes a enfermedades y resilientes al clima, al tiempo que apoyan la trazabilidad de cultivares y clones.