En este estudio, informamos sobre el análisis bioinformático de la familia de genes de endoglucanasa GH9 en tomate (L.) utilizando el genoma SL5.0, confirmando la presencia de 19 miembros que se agruparon en las clases A, B y C. Para explorar su posible papel en las interacciones planta-microbio, determinamos la regulación transcripcional de 10 miembros de genes en hojas y raíces de tomate durante las interacciones con el hongo micorrízico mutualista y el patógeno foliar. La sobreexpresión de varios genes en las hojas de plantas micorrízicas sugiere que están involucrados en la remodelación y biosíntesis de celulosa en lugar de su degradación. Esto sería consistente con el aumento observado en el área foliar. Por otro lado, la regulación a la baja de algunos genes en las hojas de plantas micorrízicas infectadas por patógenos sugiere que estos genes pueden desempeñar un papel en la resistencia mejorada observada al reducir la degradación de celulosa, manteniendo así la integridad de la pared celular. La posible participación de los genes de endoglucanasa en el crecimiento expansivo (área foliar) y en la defensa en plantas micorrízicas e infectadas por patógenos puede reflejar un compromiso entre crecimiento y defensa.