El alojamiento causa una reducción en el rendimiento y la calidad del trigo (Triticum aestivum L.). Una menor altura de planta (AP) puede reducir la incidencia de alojamiento. El uso excesivo de nitrógeno promueve un crecimiento vegetativo excesivo, lleva a plantas más altas y aumenta el riesgo de alojamiento. Aquí, utilizamos estudios de asociación a nivel genómico (GWASs) para explorar la base genética de AP y el índice de efecto de nitrógeno (NEI), un parámetro para estimar las respuestas de AP bajo condiciones de nitrógeno variables, utilizando 21,201 marcadores SNP del arreglo de SNP de trigo Illumina 90K. Un total de 191 variedades de trigo de las regiones del Valle Amarillo y Huai de China, así como de otras regiones globales, fueron analizadas durante dos temporadas de crecimiento bajo cuatro tratamientos de nitrógeno, a saber, N (0 kg/ha), N (150 kg/ha), N (210 kg/ha) y N (270 kg/ha). Los resultados de GWAS mostraron que 30 marcadores genéticos estaban asociados con AP, explicando una varianza fenotípica del 5.92% al 13.69%. Además, nueve loci significativos estaban asociados con el NEI. Notablemente, los marcadores en los cromosomas 1A y 6B estaban vinculados tanto a AP como al NEI, que eran insensibles a los fertilizantes de nitrógeno bajos y altos. Además, la AP de las tres variedades (Zhoumai16, Zhoumai13 y Bima1) mostró poca variación en los cuatro niveles de fertilizante de nitrógeno. Este estudio identificó marcadores genéticos clave asociados con la AP del trigo y el NEI, proporcionando información para optimizar el uso de nitrógeno en la cría de trigo.