Para identificar marcadores SSR asociados tanto con rasgos cuantitativos como cualitativos, analizamos un total de 68 individuos de una población F derivada de un cruce entre WPC06-339 (var. silvestre) y WPF17-049 (var. silvestre) utilizando 40 conjuntos de cebadores SSR. La diversidad genética de estos marcadores osciló entre 0.464 y 0.676, con un valor medio de 0.607. El análisis de correlación de 13 rasgos morfológicos (4 cualitativos, 9 cuantitativos) reveló correlaciones positivas significativas entre tres rasgos relacionados con las hojas y dos rasgos relacionados con la inflorescencia. El análisis de asociación que involucró 40 marcadores SSR y los 13 rasgos morfológicos identificó 39 asociaciones significativas entre marcadores y rasgos, que comprenden 18 marcadores SSR asociados con 11 rasgos morfológicos. Entre estos marcadores SSR, 12 estaban asociados con dos a cinco rasgos cuantitativos o cualitativos. Además, 10 marcadores SSR estaban significativamente asociados con tres rasgos cualitativos, mientras que 15 marcadores SSR estaban asociados con ocho rasgos cuantitativos. Notablemente, GBPFM179, KNUPF59 y KNUPF167 estaban significativamente asociados con múltiples rasgos cuantitativos o cualitativos. GBPFM179 y KNUPF182 mostraron los valores R más altos, de 0.38, para el color del tallo y los días hasta la madurez, respectivamente. Estos marcadores SSR demuestran el potencial para su uso en la selección asistida por marcadores en programas de mejoramiento dirigidos a aumentar la productividad de hojas o semillas a través de la selección de rasgos tanto cuantitativos como cualitativos.