La Melina (Roxb.) es un árbol nativo de Asia, cuya madera no se utiliza en esa región por diversas razones. Sin embargo, el rápido crecimiento del árbol y su amplia gama de aplicaciones han aumentado su aceptación en otras regiones del mundo. Fue introducida en México en 1971 y actualmente es la quinta especie forestal más utilizada en plantaciones forestales comerciales (PFC). Sin embargo, su diversidad genética no ha sido evaluada en México. El objetivo de esta investigación fue investigar la variabilidad genética de la Melina en México utilizando marcadores moleculares. Esta investigación se llevó a cabo para adquirir información valiosa para la implementación de estrategias de mejora efectivas. Se recolectaron un total de 85 muestras de Melina de varios lugares en el sureste de México entre 2017 y 2022. Se obtuvieron huellas genéticas utilizando diez reacciones de amplificación de cebadores simples (SPARs): cinco Amplificaciones Dirigidas de Regiones de ADN Minisatélite (DAMD) y cinco Repeticiones de Secuencias Inter-Simples (ISSRs). El contenido de información polimórfica (PIC) fue de 0.940 y 0.950 para el DAMD y el ISSR, respectivamente, y los coeficientes de similitud variaron de 0.12 a 0.88, lo que indica un alto grado de polimorfismo en la especie en investigación. Este es el primer intento de determinar la variabilidad genética de la Melina en México.