Estudio de Asociación a Nivel del Genoma sobre la Forma del Grano de Arroz y la Chalkiness en una Colección Mundial de Accesiones Xian
Autores: Wang, Nansheng; Chen, Huguang; Qian, Yingzhi; Liang, Zhaojie; Zheng, Guiqiang; Xiang, Jun; Feng, Ting; Li, Min; Zeng, Wei; Bao, Yaling; Liu, Erbao; Zhang, Chaopu; Xu, Jianlong; Shi, Yingyao
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Arroz
Estudio de asociación a nivel genómico
SNPs
Rasgos agronómicos
QTLs
Genes candidatos
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 8
Citaciones: Sin citaciones
La calidad de la apariencia del arroz (L.), que se define principalmente por la forma del grano y la presencia de almidón, es un objetivo importante en la mejora del arroz. En este estudio, primero re-secuenciamos 137 accesiones de indica y luego realizamos un estudio de asociación a nivel genómico (GWAS) para seis rasgos agronómicos con los 2,998,034 polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) derivados utilizando los valores de la mejor predicción lineal no sesgada (BLUP) para cada rasgo. Los resultados revelaron que 195 SNPs tenían asociaciones significativas con los seis rasgos agronómicos. Basado en los bloques de desequilibrio de ligamiento (LD) a nivel genómico, se detectaron genes candidatos para los rasgos objetivo dentro de 100 kb aguas arriba y aguas abajo de los loci SNP relevantes. Los resultados indican que se identificaron seis loci de rasgos cuantitativos (QTLs) significativamente asociados con seis rasgos para el análisis de haplotipos. Entre estos QTLs, dos se superpusieron con otros, y los cuatro restantes eran QTLs novedosos. Estos genes candidatos fueron validados adicionalmente mediante la construcción de bloques de haplotipos.
Descripción
La calidad de la apariencia del arroz (L.), que se define principalmente por la forma del grano y la presencia de almidón, es un objetivo importante en la mejora del arroz. En este estudio, primero re-secuenciamos 137 accesiones de indica y luego realizamos un estudio de asociación a nivel genómico (GWAS) para seis rasgos agronómicos con los 2,998,034 polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) derivados utilizando los valores de la mejor predicción lineal no sesgada (BLUP) para cada rasgo. Los resultados revelaron que 195 SNPs tenían asociaciones significativas con los seis rasgos agronómicos. Basado en los bloques de desequilibrio de ligamiento (LD) a nivel genómico, se detectaron genes candidatos para los rasgos objetivo dentro de 100 kb aguas arriba y aguas abajo de los loci SNP relevantes. Los resultados indican que se identificaron seis loci de rasgos cuantitativos (QTLs) significativamente asociados con seis rasgos para el análisis de haplotipos. Entre estos QTLs, dos se superpusieron con otros, y los cuatro restantes eran QTLs novedosos. Estos genes candidatos fueron validados adicionalmente mediante la construcción de bloques de haplotipos.