Las sintasas de flavonoides (FNSs) son enzimas clave que catalizan la conversión de flavanonas a flavonoides, sin embargo, sus funciones en los cítricos permanecen funcionalmente no caracterizadas. En este estudio, identificamos tres genes FNSII en el genoma de los cítricos. El análisis filogenético reveló que los genes FNSII de los cítricos comparten la distancia evolutiva más cercana con los genes FNSII de la manzana. La localización cromosómica demostró que los tres genes FNSII están distribuidos en dos de los nueve cromosomas. El análisis de la estructura génica indicó que la mayoría de los motivos dentro de estos tres genes FNSII son altamente conservados. Clonamos un gen llamado de los cítricos. La sobrerregulación transitoria de en hojas de cítricos aumentó significativamente el contenido de flavonoides, mientras que el silenciamiento inducido por virus simultáneo de llevó a una reducción sincrónica y significativa de los niveles de expresión génica y del contenido de flavonoides en plántulas de cítricos. A través del sistema de transformación genética mediado por -, se encontró que la sobrerregulación de aumentaba notablemente la acumulación de flavonoides en raíces peludas, mientras que la eliminación de resultó en una disminución significativa del contenido de flavonoides en raíces peludas. Experimentos adicionales verificaron una interacción entre CitFNSII-1 y la proteína isomerasa de chalcona-1 (CHI-1). Los resultados demostraron que los patrones de acumulación de flavonoides de y son altamente similares. En conclusión, este estudio avanza en la comprensión de la vía de biosíntesis de flavonoides en los cítricos y proporciona una base teórica para estrategias de mejoramiento molecular en cítricos.