Análisis a nivel del genoma de la familia de genes AP2/ERF: identificación y perfiles de expresión en respuesta al estrés por frío, sal y sequía
Autores: Guo, Zhenhao; He, Lisi; Sun, Xiaobo; Li, Chang; Su, Jiale; Zhou, Huimin; Liu, Xiaoqing
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Familia de genes ap2
Plantas
Procesos biológicos
Análisis filogenético
Estrés abiótico
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Consultas: 11
Citaciones: Sin citaciones
La familia de genes AP2/ERF es una de las más conservadas e importantes, principalmente presente en plantas, con diversas funciones en la regulación de procesos biológicos y fisiológicos de las plantas. Sin embargo, se ha realizado poca investigación integral sobre la familia de genes AP2/ERF en (específicamente, ), una planta ornamental importante. La secuencia del genoma completo existente proporcionó datos para investigar los genes AP2/ERF en una escala genómica. Se identificaron un total de 120 genes AP2/ERF. El análisis filogenético mostró que los genes RsAP2 se clasificaron en cinco subfamilias principales: AP2, ERF, DREB, RAV y solista. Se detectaron elementos cis-actuantes relacionados con reguladores del crecimiento de las plantas, respuesta al estrés abiótico y sitios de unión MYB en las secuencias aguas arriba de los genes RsAP2. Un mapa de calor de los niveles de expresión de los genes RsAP2 mostró que estos genes tenían diferentes patrones de expresión en las cinco etapas de desarrollo de las flores. Se seleccionaron veinte genes RsAP2 para experimentos de RT-PCR cuantitativa para aclarar los cambios en los niveles de expresión bajo tratamientos de estrés por frío, sal y sequía, y los resultados mostraron que la mayoría de los genes RsAP2 respondieron a estos estreses abióticos. Este estudio generó información integral sobre la familia de genes RsAP2 y proporciona una base teórica para futuras mejoras genéticas.
Descripción
La familia de genes AP2/ERF es una de las más conservadas e importantes, principalmente presente en plantas, con diversas funciones en la regulación de procesos biológicos y fisiológicos de las plantas. Sin embargo, se ha realizado poca investigación integral sobre la familia de genes AP2/ERF en (específicamente, ), una planta ornamental importante. La secuencia del genoma completo existente proporcionó datos para investigar los genes AP2/ERF en una escala genómica. Se identificaron un total de 120 genes AP2/ERF. El análisis filogenético mostró que los genes RsAP2 se clasificaron en cinco subfamilias principales: AP2, ERF, DREB, RAV y solista. Se detectaron elementos cis-actuantes relacionados con reguladores del crecimiento de las plantas, respuesta al estrés abiótico y sitios de unión MYB en las secuencias aguas arriba de los genes RsAP2. Un mapa de calor de los niveles de expresión de los genes RsAP2 mostró que estos genes tenían diferentes patrones de expresión en las cinco etapas de desarrollo de las flores. Se seleccionaron veinte genes RsAP2 para experimentos de RT-PCR cuantitativa para aclarar los cambios en los niveles de expresión bajo tratamientos de estrés por frío, sal y sequía, y los resultados mostraron que la mayoría de los genes RsAP2 respondieron a estos estreses abióticos. Este estudio generó información integral sobre la familia de genes RsAP2 y proporciona una base teórica para futuras mejoras genéticas.