Se recomienda el arroz integral en una dieta natural y saludable debido a sus altos beneficios nutricionales y saludables en comparación con el arroz pulido o blanco. El grano entero contiene el pericarpio con muchos colores variados (como marrón, rojo y negro) asociados con el sabor y la calidad comercial. Los atributos de color del arroz integral o marrón suelen ser indeseables y necesitan ser mejorados. Para descifrar la base genética de la variación del color en el arroz integral, realizamos un análisis de asociación a nivel genómico de tres parámetros de color de grano (brillo, rojez y amarillez) en un panel de 682 accesiones de arroz. Se identificaron veintiséis loci para los parámetros de color, lo que implica que el color del grano está bajo control poligénico. Entre ellos, algunos loci de efecto mayor se co-localizaron con los genes previamente identificados. Para eliminar la posible interferencia de otros loci que influyen en el color del grano, realizamos el análisis de asociación en un subconjunto del panel que excluyó el arroz pigmentado (rojo y negro). Se detectaron dieciocho loci o SNPs asociados con el color del grano en la subpoblación, muchos de los cuales no se habían reportado antes. Se validaron dos regiones significativas de SNP en los cromosomas 1 y 9 utilizando líneas casi isogénicas. Basándonos en el análisis de expresión diferencial de los genes anotados dentro de las regiones de SNP y el análisis metabólico de muestras extremas agrupadas, encontramos al menos tres genes anotados como candidatos potenciales involucrados en la vía metabólica de los flavonoides relacionada con el color del pericarpio. Estos resultados proporcionan información sobre la base genética del color del grano de arroz y facilitan la cría genómica para mejorar la apariencia y la calidad comercial del arroz integral.