El objetivo de este estudio fue caracterizar la microbiota de deterioro de filetes de merluza almacenados bajo atmósferas modificadas (MAP) (50% CO/50% N) a diferentes temperaturas utilizando secuenciación del gen 16S rRNA de alto rendimiento y comparar los resultados con los obtenidos mediante técnicas tradicionales de microbiología. Los resultados obtenidos indican que, como era de esperar, temperaturas de almacenamiento más altas conducen a una vida útil más corta (el tiempo de rechazo sensorial por parte de los panelistas). Por lo tanto, la vida útil disminuyó de seis días a dos días para el Lote A cuando la temperatura de almacenamiento aumentó de 1 a 7 grados Celsius, y de cinco a dos días -cuando se comparó el mismo aumento en la temperatura de almacenamiento- para el Lote B. En todos los casos, los niveles de trimetilamina (TMA) medidos en el momento del rechazo sensorial de los filetes de merluza superaron el umbral recomendado de 5 mg/100 g y fueron los géneros más abundantes en el momento del deterioro en todos los casos, excepto en una de las muestras analizadas: , representando entre el 19% y el 46%, y entre el 27% y el 38% de la microbiota total. Fueron seguidos por , y , cuyo orden relativo variaba dependiendo de la muestra/lote analizado. Estos resultados resaltan la relevancia de como un agente de deterioro de la merluza almacenada en atmósferas ricas en CO. Serán necesarias más investigaciones para dilucidar si otros microorganismos, como , o , también contribuyen al deterioro de la merluza cuando se almacena bajo MAP.