La morfología de las raíces y la capacidad de absorción se investigan cada vez más como indicadores del rendimiento de los cultivos, sin embargo, su caracterización sigue siendo un desafío en el laboratorio. El suelo o la arena son opacos para la mayoría de las formas de radiación, mientras que los medios transparentes no logran proporcionar características relevantes del suelo. El suelo transparente (ST) está diseñado específicamente para apoyar el crecimiento de las raíces en presencia de aire, agua y nutrientes, lo que permite la fenotipificación de raíces in situ. Se llevó a cabo un experimento en interiores, que involucró tres medios de crecimiento (suelo natural, ST, hidroponía), dos especies de cultivos de raíces fibrosas (trigo, maíz) y dos especies de cultivos de raíz pivotante (algodón, soja), para evaluar el impacto del ST en la morfología de las raíces y la absorción de agua y nitrógeno de cultivos con diferentes tipos de raíces. Los resultados mostraron que, en comparación con la diferencia promedio entre hidroponía y suelo natural, la diferencia promedio en la morfología de las raíces y la absorción de agua y nitrógeno del maíz entre ST y suelo natural se redujo significativamente, así como para el algodón, la soja y el trigo a su vez. Se concluyó que, en comparación con las raíces desarrolladas en hidroponía, las raíces desarrolladas en ST eran significativamente más similares a las desarrolladas en suelo natural. Sin embargo, tal similitud varió entre las especies de cultivos, sin una correlación clara con los tipos de raíces. Estos hallazgos proporcionan una base teórica para promover la aplicación del ST.