Las plantas regulan su microbioma de la rizosfera, que en parte comprende la comunidad fúngica. Realizamos un estudio para determinar el efecto que cinco especies de plantas medicinales (, , , y ) tienen en la comunidad fúngica de su rizosfera. Medimos parámetros abióticos y utilizamos secuenciación para determinar la estructura de la comunidad fúngica de la rizosfera, tanto taxonómicamente, como filas y géneros, y funcionalmente, como modos tróficos. Nuestros datos muestran que las comunidades fúngicas de la rizosfera fueron significativamente diferentes, tanto taxonómicamente como funcionalmente. La rizosfera de tuvo una abundancia relativa significativa de saprótrofos y una menor abundancia relativa de simbiótrofos que el suelo de control y la rizosfera de . La abundancia relativa del género Aureobasidium fue significativamente mayor en la rizosfera de que en el control y que en todas las demás rizosferas, excepto la de . La abundancia relativa del género Alternaria fue menor en las rizosferas de y que en el suelo de control. Nuestros resultados resaltan el uso potencial de estas plantas en agroforestería, como un medio para influir en la población de hongos del suelo.