El consumo de vegetales crucíferos está asociado con numerosos beneficios para la salud atribuidos al fitoquímico sulforafano (SFN) que ejerce propiedades antioxidantes y quimiopreventivas, entre otros compuestos bioactivos. Los brotes de brócoli, ricos en el precursor de SFN glucorafanina (GRN), han sido investigados en numerosos ensayos clínicos. Los microgreens de brócoli son igualmente ricos en GRN pero han permanecido en gran medida inexplorados. El objetivo de este estudio fue examinar la biodisponibilidad de SFN y el perfil del microbioma en sujetos alimentados con una sola porción de microgreens de brócoli fresco. Once sujetos participaron en un estudio de alimentación con microgreens de brócoli. Se midieron los contenidos y la estabilidad de GRN y SFN en los microgreens de brócoli. Se examinaron los perfiles de metabolitos de SFN en orina y heces, así como la composición del microbioma. Los microgreens de brócoli tenían un contenido de GRN similar a los valores reportados previamente para los brotes de brócoli, el cual se mantuvo estable con el tiempo. Los perfiles de metabolitos de SFN en orina en los sujetos alimentados con microgreens de brócoli fueron similares a los reportados previamente en sujetos alimentados con brotes de brócoli, incluida la detección de SFN-nitrilos. También informamos por primera vez la detección de metabolitos de SFN en muestras de heces. Una sola porción de microgreens de brócoli no alteró significativamente la composición del microbioma. Demostramos en este estudio que los microgreens de brócoli son una fuente significativa de SFN. Nuestro trabajo sienta las bases para futuros estudios que establezcan los beneficios para la salud del consumo de microgreens de brócoli.