Aquí, se examinaron los patrones biogeográficos de los taxones bacterianos abundantes y raros en los cultivos de limón con diferentes modos de cultivo utilizando el conjunto de datos obtenido de la secuenciación de alto rendimiento. Las subcomunidades abundantes exhibieron una menor riqueza, una proporción de abundancia similar y menores variaciones composicionales que los taxones raros. Con respecto a los diferentes modos de cultivo, se observó una menor riqueza pero una mayor distancia de beta-diversidad en los taxones bacterianos abundantes de suelos de invernadero en comparación con otros cultivos en campo abierto. Además, se encontraron algunos indicadores potenciales, incluidos Proteobacteria, Chloroflexi y Bacteroidota, que estaban enriquecidos en las subcomunidades abundantes en suelos de invernadero. Además, se observó una mayor disminución de la similitud relacionada con el medio ambiente en los taxones abundantes de suelos de invernadero, pero en cultivos convertidos en colinas para los taxones raros. Las subcomunidades abundantes fueron más sensibles a los cambios ambientales y más estrechamente agrupadas filogenéticamente. En contraste, la selección homogénea dominó el ensamblaje de taxones raros, que fue insensible a las limitaciones de dispersión. Se identificó el pH del suelo como el factor clave para impulsar el ensamblaje de comunidades bacterianas del suelo, con un ensamblaje más determinista y estocástico para los taxones abundantes y raros, respectivamente, en los ambientes neutros.