El arroz es una fuente de alimento primaria para casi la mitad de la población mundial. En el noreste de China, los suelos de arrozales se clasifican principalmente en dos tipos distintos: molisoles fértiles y suelos salino-sódicos deficientes en nutrientes. Las comunidades microbianas del suelo desempeñan un papel crítico en mantener la estabilidad de los agroecosistemas de arroz; sin embargo, los estudios comparativos sobre la diversidad microbiana y los sistemas funcionales en estos tipos de suelo siguen siendo limitados. Este estudio tuvo como objetivo investigar sistemáticamente la diversidad bacteriana, la estructura de la comunidad y las características funcionales de los suelos de arroz molisol y salino-sódico durante las etapas de espigado y cosecha del arroz, y elucidar las diferencias entre ellos. Se utilizó tecnología de secuenciación de alto rendimiento para delinear las diferencias en las comunidades bacterianas y sus atributos funcionales entre estos tipos de suelo. Los resultados indicaron que ocurren variaciones distintas en la diversidad alfa y las estructuras de la comunidad de las poblaciones bacterianas en ambos tipos de suelo durante las etapas de espigado y cosecha del arroz. Típicamente, los índices de diversidad alfa fueron más altos en el suelo de arroz molisol que en el suelo salino-sódico. Notablemente, Actinomycetota mostró una abundancia relativa significativamente mayor en el suelo de arroz salino-sódico en la etapa de cosecha, mientras que Bacteroidota fue más abundante en el suelo salino-sódico en ambas etapas examinadas. Un análisis de genes funcionales a través de las vías KEGG reveló que las vías de fijación de carbono eran más prevalentes en el suelo de arroz molisol durante la etapa de espigado del arroz. Por el contrario, los genes relacionados con el metabolismo del nitrógeno eran más abundantes en condiciones salino-sódicas, lo que sugiere una mayor necesidad de nitrógeno en la absorción de nutrientes por el arroz en estos suelos. En general, las bacterias en el suelo de arroz molisol parecen desempeñar roles más fundamentales que las del suelo de arroz salino-sódico. Este estudio no solo arroja luz sobre la dinámica funcional de las comunidades bacterianas, sino que también tiene implicaciones prácticas para las estrategias de manejo del suelo en estos entornos contrastantes.