El almidón poroso se ha creado mediante la hidrólisis por amiloglucosidasa y alfa-amilasa. Sin embargo, se conoce poca información sobre la evolución precisa de las estructuras multinivel del almidón durante la digestión. En este estudio, el almidón de arroz y el almidón de patata, que contienen diferentes estructuras cristalinas, fueron hidrolizados por amiloglucosidasa y alfa-amilasa durante 20 y 60 minutos, respectivamente, y se examinaron sus cambios estructurales resultantes. El proceso de digestión causó una degradación significativa de las estructuras moleculares de los almidones de arroz y patata. Además, las alteraciones en las estructuras ordenadas variaron entre los dos almidones. El almidón de arroz mostró estructuras porosas, láminas cristalinas más gruesas según la dispersión de rayos X de ángulo pequeño, y una mayor termoestabilidad después de la digestión utilizando calorimetría diferencial de barrido. Para el almidón de arroz, el grado de las estructuras cristalinas se analizó con un difractómetro de rayos X; se encontró que primero aumentaba después de 20 minutos de digestión y luego disminuía después de 60 minutos de digestión. En contraste, el almidón de patata no mostraba estructuras porosas pero presentaba láminas cristalinas más gruesas y una reducción en las estructuras ordenadas después de la digestión. Estos hallazgos sugieren que es posible modular intencionalmente las estructuras multinivel del almidón controlando el tiempo de digestión, proporcionando así valiosas ideas para la manipulación de las funcionalidades del almidón.