Los sistemas de apareamiento de las plantas moldean los patrones de diversidad genética e impactan el éxito a largo plazo de las poblaciones. Como tal, son relevantes para el diseño de colecciones de semillas que buscan maximizar la diversidad genética (por ejemplo, conservación de germoplasma, restauración ecológica). Sin embargo, para la mayoría de las especies, se sabe poco empíricamente sobre cómo se distribuye la variación en los sistemas de apareamiento y la diversidad genética. Investigamos la relación entre la diversidad genética y los sistemas de apareamiento en dos especies funcionalmente similares y que coexisten de (Proteaceae), y evaluamos hasta qué punto se capturó la diversidad genética en las semillas. Genotipamos cientos de plántulas y plantas madre a través de DArTseq, y desarrollamos implementaciones novedosas de dos enfoques para inferir el sistema de apareamiento a partir de datos de SNP. Se reveló un contraste notable en los patrones de diversidad genética entre y, consistente con un contraste en sus sistemas de apareamiento. Mientras que ambas especies tenían sistemas de apareamiento mixtos, se encontró que era habitualmente autopolinizante, mientras que empleaba de manera más equitativa tanto la autopolinización como la cruzada. En ambas especies, los esquemas de recolección de semillas maximizaron la diversidad genética al aumentar el número de líneas maternas y sitios muestreados, pero se necesitaban el doble de sitios para la especie autopolinizante para capturar niveles equivalentes de variación genética a escala regional.