Los melones serpiente han estado presentes durante milenios, a pesar de su uso limitado en la actualidad, y albergan un gran grado de diversidad genética y fitoquímica. El estudio actual evaluó la diversidad genómica y bioquímica de las variedades locales de melón serpiente de origen chipriota y griego, revelando grados significativos de variación genética y mineral/fitoquímica. Las variedades locales mostraron un alto potencial para mejorar la calidad nutricional y una posible contribución a la resiliencia al estrés. El análisis del genoma completo destacó un alto grado de SNPs, InDels, SVs y CNVs, especialmente en genotipos como Atzouri y ARI001024, indicando que las variantes funcionales influyen en la diversidad fenotípica/química. El perfil bioquímico demostró grandes diferencias en la concentración de pigmentos, antioxidantes y minerales, con ARI001024 y ARI00894 exhibiendo niveles elevados de nutrientes/fitoquímicos. El análisis de agrupamiento jerárquico y PCA estableció relaciones entre rasgos y reforzó el concepto de que estos genotipos pueden ofrecer valiosos recursos genéticos para programas de mejoramiento bajo esquemas de producción resilientes al clima, enfatizando la necesidad de conservación y una mayor caracterización genómica.