El suministro exógeno de citoquininas es un factor crucial durante la multiplicación in vitro de brotes de manzana. Se ha demostrado que el -topolina causa una tasa de multiplicación mejorada, brotes in vitro de mayor calidad con mejor enraizamiento y capacidad de aclimatación que la ampliamente utilizada adenina bencílica. Los efectos de la adenina bencílica y el -topolina en la transcripción de ARNm en brotes in vitro se analizaron utilizando mRNA-seq, análisis bioinformático, anotación GO y mapeo KEGG. Las investigaciones actuales revelaron que había aproximadamente 6 veces más genes regulados significativamente hacia arriba o hacia abajo (DEGs) en brotes cultivados en medio que contenía adenina bencílica que en aquellos cultivados en medio que contenía -topolina. Los análisis de DEG mostraron que WRKYs, bHLH y MYB fueron los factores de transcripción más afectados después de ambos tratamientos de citoquininas, mientras que la expresión de factores de transcripción tipo MIKC MADS-box, ERF y AP2 solo cambió después del tratamiento con adenina bencílica. Los DEG relacionados con el transporte y la señalización de auxinas, así como la síntesis de auxinas, fueron afectados de manera diferente por las dos citoquininas. El DEG que codifica una proteína similar a la citoquinina hidroxilasa y relacionado con la biosíntesis de -zeatina fue regulado al alza solo después del tratamiento con adenina bencílica. El DEG que codifica una oxidasa de giberelina 20 similar fue regulado a la baja después de un suministro de adenina bencílica, mientras que fue regulado al alza después de un suministro de -topolina. Los cambios en el equilibrio de citoquininas-auxinas y la biosíntesis de giberelinas en brotes in vitro pueden contribuir a las diferencias morfológicas observadas previamente para las dos citoquininas.