Como el contaminante más común en los sistemas de acuicultura, los efectos tóxicos del amoníaco han sido ampliamente explorados en peces cultivados, moluscos y crustáceos, pero rara vez se han considerado en especies de tortugas. En este estudio, se expuso a juveniles de la tortuga invasora a diferentes niveles de amoníaco (0, 0.3, 3.0 y 20.0 mg/L) durante 30 días para evaluar las respuestas fisiológicas, del microbioma intestinal y del metaboloma hepático al amoníaco en esta especie de tortuga. Excepto por una tasa de crecimiento relativamente baja de las tortugas expuestas a la concentración más alta, la exposición al amoníaco no tuvo un impacto significativo en la capacidad locomotora y la diversidad microbiana intestinal de las tortugas. Sin embargo, la composición de la comunidad microbiana podría alterarse, con un aumento de algunas bacterias patógenas en las tortugas expuestas al amoníaco, lo que podría indicar un cambio en su estado de salud. Además, los perfiles de metabolitos hepáticos a través de cromatografía líquida-espectrometría de masas revelaron perturbaciones metabólicas extensas, a pesar de estar principalmente involucrados en la biosíntesis y el metabolismo de aminoácidos. En general, nuestros resultados muestran que la exposición al amoníaco causa disbacteriosis intestinal y perturba diversas vías metabólicas en especies de tortugas acuáticas. Considerando los mecanismos de defensa discrepantes, los impactos tóxicos del amoníaco a concentraciones ambientalmente relevantes sobre el rendimiento fisiológico podrían ser menos pronunciados en las tortugas en comparación con los peces y otros invertebrados.