La diversidad de fitoplancton y las características de la comunidad están estrechamente asociadas con factores ambientales acuáticos. Comprender estas dinámicas puede proporcionar información sobre la salud ecológica de los cuerpos de agua. Investigamos las características espaciales y temporales de las comunidades de fitoplancton en 27 embalses de fuentes de agua potable en Shenzhen, China. Como método, recolectamos muestras durante la temporada seca en 2021 y la temporada húmeda en 2022, analizamos las diversidades alfa y beta de las comunidades de fitoplancton y correlacionamos estas con los factores ambientales. Los resultados revelan que las cianobacterias dominan las comunidades de fitoplancton en los embalses de Shenzhen. La diversidad de fitoplancton es mayor durante la temporada seca. La composición algal varía espacialmente, y la diversidad de fitoplancton tiende a disminuir con el aumento de la eutrofización. Un análisis de red de coocurrencia indica correlaciones más densas y fuertes entre los nodos de fitoplancton durante la temporada húmeda que en la temporada seca. Los embalses con niveles de eutrofización moderados exhiben nodos más densos y correlaciones más fuertes en comparación con aquellos con niveles de eutrofización bajos o altos. La demanda química de oxígeno, la temperatura del agua, el pH y el nitrógeno total se identifican como influencias clave en la estructura de la comunidad de fitoplancton. Nuestros resultados contribuyen a una mejor comprensión de las dinámicas espaciales y temporales de las comunidades de fitoplancton en embalses en el sur de China y proporcionan información sobre la gestión y conservación de estos embalses de agua potable.