El injerto implica interacciones hormonales complejas en las interfaces de injerto que aún no se comprenden completamente. En este estudio, analizamos las fluctuaciones hormonales y la expresión génica durante la proliferación de callos y la diferenciación del tejido vascular en injertos de nogal (Sarg.). Los niveles de citoquinina y del precursor de etileno ACC aumentaron constantemente después del injerto. Los genes biosintéticos para estas hormonas mostraron una expresión elevada. Los genes relacionados con la señalización de citoquinina y la señalización de etileno también se regularon al alza. Por el contrario, los genes asociados con los caminos del ácido jasmonico, ácido abscísico y estrigolactona se regularon a la baja, incluidos los genes de síntesis y aquellos involucrados en la transducción de señales. Correspondientemente, los niveles de JA-Ile y 5-deoxiestrigol disminuyeron significativamente. Los niveles de ácido indol-3-acético (IAA) también cayeron durante las primeras etapas de formación de la unión del injerto. Estos resultados sugieren que las bajas concentraciones de auxina pueden ser esenciales en las etapas iniciales después del injerto para fomentar la proliferación de callos, seguidas de un aumento en etapas posteriores para facilitar la diferenciación de los haces vasculares. Estos hallazgos implican que mantener un equilibrio entre niveles bajos de auxina y niveles elevados de citoquinina y etileno puede ser crítico para apoyar la división celular y la formación de callos durante la fase inicial de proliferación. Más tarde, durante la fase de diferenciación vascular, un aumento gradual en los niveles de auxina, acompañado de un aumento en el etileno, puede facilitar la diferenciación de los haces vasculares en injertos de nogal.