Los estuarios se encuentran entre los ecosistemas más productivos del mundo, pero debido a su ubicación geográfica, están en la primera línea de las presiones antropogénicas. El aumento del nivel del mar (ALM) es una de las principales consecuencias del cambio climático que representa una amenaza para los estuarios con hábitats intermareales extensos. Las implicaciones ecológicas de la pérdida de hábitats intermareales han sido en gran medida pasadas por alto a pesar de su probable importancia. Nuestro objetivo fue abordar esta brecha de conocimiento investigando cómo las comunidades de macroinvertebrados bentónicos y sus contribuciones al funcionamiento del ecosistema probablemente responderán al ALM. Basado en un conjunto de datos espacialmente extenso (119 sitios) de una gran laguna costera, se identificaron la profundidad, las concentraciones de clorofila en sedimentos, el contenido de barro y la velocidad media de la corriente como los principales impulsores del cambio en la composición de la comunidad. Luego se evaluaron los cambios en la estructura de la comunidad bentónica y las implicaciones funcionales asociadas utilizando la profundidad como un proxy para el ALM. Se identificaron tres grupos macrofaunales principales que representan hábitats intermareales, submareales poco profundos y submareales profundos. El análisis de rasgos funcionales indicó una baja redundancia funcional para un bivalvo clave de filtración intermareal y la falta de un reemplazo funcional submareal poco profundo en caso de que los hábitats intermareales se inunden. Estos hallazgos sugieren fuertemente que el ALM y los cambios ambientales asociados alterarán las comunidades de macroinvertebrados estuarinos, con implicaciones para el futuro funcionamiento y resiliencia del ecosistema.