Las manzanas y los productos a base de manzana se encuentran entre las frutas más consumidas en todo el mundo. Sin embargo, son susceptibles a la infección con hongos. Además de la reducción de la calidad de la manzana, el metabolismo secundario de este hongo produce una micotoxina patulina que tiene un efecto negativo en la salud humana. Actualmente, no hay investigaciones disponibles en la literatura sobre la resistencia de los cultivares tradicionales de manzana croata a la contaminación con hongos, y consecuentemente, sobre el contenido de patulina en las manzanas y el jugo de manzana producido a partir de esas manzanas. Aunque el mecanismo de resistencia de la manzana a las enfermedades fúngicas aún no ha sido investigado suficientemente, algunos estudios han demostrado que los compuestos polifenólicos tienen cierto impacto en el crecimiento de los hongos. Con el fin de contribuir con nuevos conocimientos, esta investigación se ocupa de monitorear el crecimiento de hongos en las manzanas, la detección de patulina por LC/MS-MS, la determinación del perfil de polifenoles por un método de HPLC validado, y determinar el efecto de los compuestos polifenólicos en el crecimiento de los hongos y la producción de patulina durante el almacenamiento de las manzanas. Los resultados de este estudio han demostrado que los cultivares tradicionales de manzana croata recolectados de la granja familiar Horvati contienen una mayor concentración de compuestos polifenólicos y una mayor actividad antioxidante. Al mismo tiempo, mostraron más resistencia a la infección por hongos que los convencionales. El mayor contenido de dihidrocalconas y flavanoles fomentó la biosíntesis de patulina en los cultivares examinados. Sin embargo, el mayor contenido de no flavonoides como ácido 2-6 dimetoxibenzoico, ácido 4-hidroxicinámico y ácido clorogénico conduce a una disminución en el contenido de patulina. En conclusión, parece que el contenido de polifenoles y la producción de patulina están correlacionados.