La producción de queso puede realizarse tanto con leche pasteurizada como no pasteurizada, dependiendo del país o hábitos dietéticos. En este trabajo se presenta el efecto de la pasteurización de la leche en el progreso de las propiedades fisicoquímicas, el perfil de ácidos grasos y la oxidación de lípidos del queso durante un período de maduración de 90 días. Esta investigación se llevó a cabo en dos tipos de queso Graviera producidos en Grecia, uno elaborado con leche cruda y otro con leche pasteurizada. Se evaluó la composición proximal de cada muestra, se analizó el perfil de ácidos grasos mediante cromatografía de gases, mientras que la oxidación de lípidos se determinó en base a la formación de malondialdehído (MDA). Se observaron diferencias significativas (<0,05) en los valores de pH, grasa y densidad entre la leche cruda y la pasteurizada. Los parámetros fisicoquímicos durante la maduración de los quesos mostraron diferencias significativas según el tipo y la etapa de maduración. Específicamente, los dos tipos de queso difirieron significativamente (<0,05) en términos de pH, proteína, grasa en materia seca (FDM) y nitrógeno soluble en agua/nitrógeno total (WSN/TN). Aunque el perfil de ácidos grasos fue similar para los dos tipos de queso, se observaron diferencias durante las etapas de maduración, así como entre la leche y el producto final. Los niveles de oxidación de lípidos aumentaron durante la maduración, mientras que parecían ser más bajos en los quesos pasteurizados. Por lo tanto, se puede concluir que el uso de leche cruda o pasteurizada afecta las características fisicoquímicas, el perfil de ácidos grasos y la oxidación de lípidos del queso Graviera durante la maduración.