La metilación de ADN dirigida por ARN (RdDM) es un mecanismo epigenético involucrado en varios procesos biológicos en plantas, que requiere una maquinaria compleja que incluye la proteína de remodelación de la cromatina CLASSY (CLSY). La familia CLSY regula la metilación de ADN global y específica de locus y fue identificada inicialmente en . A pesar de los informes en otras plantas, el conocimiento detallado sobre las proteínas CLSY en soja es escaso. En este trabajo, utilizamos modelos ocultos de Markov de perfil (HMM de perfil) específicamente construidos para la detección de CLSY para identificar nuevos miembros en soja y analizar sus relaciones filogenéticas a través de briofitas, angiospermas basales, eudicotiledóneas basales, monocotiledóneas y eudicotiledóneas. Identificamos dos nuevos candidatos para CLSY1-2 y uno para DRD1 en soja y, por primera vez, detectamos genes CLSY y DRD1 en . El análisis filogenético indicó dos grupos principales de CLSY: uno similar a CLSY1-2 y otro a CLSY3-4. El análisis de duplicación de genes demostró que los eventos de duplicación del genoma completo/duplicación segmentaria contribuyeron a la expansión de la familia CLSY en soja. El análisis de RT-qPCR mostró que CLSY y cinco otros genes reguladores epigenéticos tenían una expresión modulada por estrés durante la germinación de soja bajo estrés salino y osmótico, con variación entre cultivares. Nuestros hallazgos mejoran la comprensión de la dinámica evolutiva de la familia CLSY y proporcionan información sobre su respuesta al estrés abiótico en soja.