El estudio de la relación entre la disponibilidad de agua, el comportamiento fotosintético, la acumulación de flavonoides y la respuesta antioxidante ofrece nuevas perspectivas para mejorar las prácticas de vivero, resultando en plántulas de eucalipto más vigorosas que son tolerantes y tienen un mayor potencial para el establecimiento en campo. Bajo la hipótesis de que diferentes materiales genéticos de eucalipto muestran respuestas contrastantes a la disponibilidad de agua en el sistema suelo-planta-atmósfera, este estudio tiene como objetivo evaluar el comportamiento fisiológico de clones sometidos a diferentes intervalos de riego, con énfasis en el papel de los flavonoides como antioxidantes en la mitigación de los efectos del estrés hídrico. El diseño experimental se estructuró en franjas que contenían cinco clones de eucalipto y riego con diferentes intervalos de riego: 1, 2, 4 y 8 días. Se realizaron evaluaciones de fotosíntesis neta, transpiración y eficiencia de uso del agua instantánea. Además de las evaluaciones fisiológicas, se determinaron los flavonoides daidzeína, genisteína y genistina. Los clones C1, C2 y C3 sobresalieron en fotosíntesis y transpiración en intervalos de 2 y 4 días, mientras que C1 y C2 mantuvieron un rendimiento superior incluso en un intervalo de 8 días. La eficiencia de uso del agua fue más alta en C5 y aumentó con el estrés hídrico, mostrando un ajuste cuadrático en todos los clones. En cuanto a la producción de flavonoides, C1 y C3 mostraron una mayor acumulación de daidzeína, con una respuesta cuadrática al intervalo de retiro. La genisteína mostró una reducción lineal solo en C2, mientras que la genistina aumentó en C1, alcanzando su punto máximo alrededor de 11 días. Los clones de eucalipto exhiben respuestas fisiológicas y bioquímicas distintas a las variaciones en los intervalos de riego. Un riego más frecuente favorece la actividad fotosintética y la transpiración, particularmente en los clones C1, C2 y C3, mientras que intervalos de riego más largos reducen estos procesos pero mejoran la eficiencia en el uso del agua, especialmente en C5.