Con el fin de verificar el efecto del sistema en cascada en las comunidades de macroinvertebrados bentónicos y sus implicaciones para la formulación de políticas y propuestas de conservación y uso sostenible de la parte baja de la cuenca del río São Francisco (estado de Bahía, Brasil), se estudió un sistema en cascada de tres embalses, que incluye dos tramos aguas abajo, durante los períodos de sequía (junio de 1997) y lluvia (marzo de 1998). Los grupos dominantes encontrados fueron moluscos (Melanoides tuberculata), oligoquetos y larvas de quironómidos. Se observaron valores bajos de los índices de Shannon-Wiener y de Pielou, pero sin diferencias significativas entre los períodos de muestreo. Sin embargo, la densidad y la riqueza taxonómica fueron significativamente diferentes (t(0,05; 31) = –2,1945; p < 0,05; e t(0,05; 31) = –3,0600; p < 0,01) entre los períodos de muestreo, con una reducción en el número de taxones y la abundancia de macroinvertebrados durante el período lluvioso. Se observó un gradiente creciente en las estructuras de la comunidad de macroinvertebrados bentónicos a lo largo de la cascada del embalse desde el primer embalse (Apolônio Sales), seguido de una disminución aguas abajo del tercer embalse del sistema (Xingó). A pesar de las consecuencias negativas de la rápida proliferación de presas, que han causado una pérdida generalizada de hábitats de agua dulce, el sistema de cascada del embalse promovió un aumento en la diversidad de macroinvertebrados bentónicos, debido a la mejora de la calidad del agua a lo largo del sistema.