El río Sinos, en el sur de Brasil, está contaminado por vertidos industriales y residuos urbanos sin tratar. Los biomarcadores de genotoxicidad en peces son parámetros valiosos para la evaluación de riesgos ambientales. En este estudio, utilizamos el ensayo cometa para detectar la genotoxicidad debida a múltiples fuentes de contaminación en la sangre periférica de una especie de pez nativa (Hyphessobrycon luetkenii). Además, analizamos el posible daño al ADN causado por la contaminación con aluminio, plomo, cromo, cobre, níquel, hierro y zinc. Se recolectaron muestras de agua estacionalmente en tres sitios de muestreo y los peces se evaluaron en condiciones de laboratorio. El análisis químico del agua mostró un aumento en el nivel de aluminio y hierro en la mayoría de las muestras en los sitios 2 y 3, ubicados en el curso medio e inferior del río, respectivamente. El índice de daño al ADN evaluado mediante el ensayo cometa no mostró diferencias significativas en las diferentes estaciones ni en los diferentes sitios de muestreo, mientras que la frecuencia de células con daño al ADN fue mayor en las muestras de agua recolectadas en los sitios 1 y 2 durante la primavera. Ninguno de los metales estudiados parece estar asociado con el aumento en la frecuencia de células con daño en el ADN observado durante la primavera. Los resultados de este estudio indican que el río Sinos está contaminado con sustancias genotóxicas para los peces, incluidas las aguas cercanas al manantial.