Este trabajo investigó el potencial citotóxico y genotóxico del agua del río Paraíba do Sul (Brasil) utilizando raíces de Allium cepa. Se analizó un parámetro anatomomorfológico (longitud de la raíz), índices mitóticos y frecuencia de micronúcleos. Se seleccionaron al azar ocho bulbos para su tratamiento durante 24 a 120 horas con agua del río recolectada entre 2005 y 2006 en las ciudades de Tremembé y Aparecida (estado de São Paulo, Brasil). Se realizaron mediciones diarias de la longitud de las raíces de cada bulbo durante todo el experimento. Se determinaron el índice mitótico (IM) y la frecuencia de micronúcleos (MN) para 2000 células por raíz, utilizando de 3 a 5 ápices radiculares de otros bulbos (7-10). Solo en las raíces tratadas con muestras de agua del río recolectadas en 2005 en la ciudad de Tremembé se observó una disminución en el crecimiento de la longitud de la raíz en comparación con el control respectivo. Sin embargo, se verificó una reducción en los valores de MI en ambos sitios analizados ese año. Considerando los datos sobre el crecimiento de la longitud de la raíz y, especialmente, los valores de MI, se sugiere un potencial citotóxico para el agua del río Paraíba do Sul en Tremembé y Aparecida en el año 2005. Por otro lado, dado que en este año la frecuencia de MN no se vio afectada por los tratamientos del agua del río, no se asume genotoxicidad para el agua del río muestreada en los lugares mencionados.