El río Silway ha fallado históricamente en cumplir con los niveles seguros de coliformes fecales debido a la disposición inadecuada de desechos. La desembocadura del río se encuentra en la ciudad de General Santos, la capital del atún de Filipinas y un importante productor de cerdos, ganado y aves de corral. La acumulación de contaminantes debido a la descarga directa de desechos de granjas avícolas y las condiciones actuales de calidad del agua ha llevado a un aumento de materia fecal en el río Silway. Aunque hubo informes técnicos a principios de la década de 2000 sobre la cría de aves de corral, este es el primer estudio en el que se detectaron coliformes fecales de la cría de aves de corral en el río Silway utilizando protocolos altamente sensibles como qPCR. Este estudio caracterizó el efecto de la velocidad de flujo y los parámetros fisicoquímicos de calidad del agua en la contaminación fecal de pollo. Se utilizaron marcadores genéticos como Ckmito y ND5-CD para detectar y cuantificar la contaminación por estiércol avícola a través del seguimiento de fuentes microbianas (MST) y el perfilado de ADN ambiental (eDNA). Los resultados de este estudio mostraron la presencia de bacterias fecales de pollo en todas las estaciones a lo largo del río Silway. Los resultados revelaron que los niveles normales de parámetros de calidad del agua, como la temperatura, el pH y altas concentraciones de Sólidos Suspendidos Totales (TSS), crean condiciones favorables para que los coliformes fecales de pollo prosperen. El análisis de regresión múltiple mostró que la velocidad de flujo y el oxígeno disuelto (DO) afectan significativamente la contaminación fecal de pollo. Un valor de umbral de ciclo (Ct) más bajo indicó una mayor concentración del marcador ND5-CD, lo que significa una mayor contaminación fecal. Se encontró que había una relación inversa entre el valor de Ct y tanto la velocidad (R = 0.55, p = 0.01) como el DO (R = 0.98, p = 0.2), lo que sugiere que una baja velocidad de flujo y un bajo DO pueden llevar a una mayor contaminación fecal. Los hallazgos de contaminación fecal podrían impactar negativamente los recursos hídricos, la salud de los residentes cercanos y las granjas e industrias circundantes, así como la salud y el crecimiento de los peces.