La fusión de alta resolución (HRM), con una alta sensibilidad para distinguir las especies de ácidos nucleicos con pequeñas variaciones, se ha aplicado ampliamente en la exploración de mutaciones, el análisis de metilación y el genotipado. Con el objetivo de ampliar la HRM para la evaluación de la estabilidad térmica de las estructuras secundarias de los ácidos nucleicos en función de la secuencia, se investigaron los efectos del colorante EvaGreen, los iones metálicos y las impurezas (como los dNTP) en la medición de la temperatura de fusión (Tm) mediante HRM. Se evaluó la precisión de la HRM en comparación con el método de fusión UV, y se encontraron pocas diferencias entre ambos métodos cuando la Tm del ADN era superior a 40°C. Se observó que tanto la insuficiencia como el exceso de EvaGreen daban lugar a una Tm un poco más alta, lo que demuestra que debe tenerse en cuenta la proporción de colorante para una medición precisa de la Tm de los ácidos nucleicos. Por último, el método HRM también se utilizó con éxito para medir Tms de triplex de ADN, horquilla y dúplex de ARN. En conclusión, la HRM puede aplicarse en la evaluación de la estabilidad térmica de ácidos nucleicos (ADN o ARN) o elementos estructurales secundarios (incluso cuando hay dNTPs presentes).