Las alteraciones en la metilación global del ADN están implicadas en diversos procesos fisiopatológicos. Se requiere el desarrollo de métodos sencillos y rápidos, pero robustos, para evaluar la metilación del ADN con el fin de facilitar su medición e interpretación en la práctica clínica. Describimos un método de electroforesis capilar altamente sensible y reproducible con detección UV para la separación y detección de citosina y metilcitosina, tras hidrólisis con ácido fórmico de ADN extraído de sangre total humana. Las muestras hidrolizadas se secaron y resuspendieron con agua y se inyectaron directamente en el capilar sin procedimientos de derivatización de la muestra. El uso de un tampón de ejecución que contenía 50 mmol/L de tampón fosfato BIS-TRIS propano (BTP) a pH 3,25 y 60 mmol/L de tampón acetato de sodio a pH 3,60 (4 : 1, v/v) permitió la identificación completa del analito en 11 min. Las pruebas de precisión indicaron una elevada reproducibilidad con un CV interensayo del 1,98% cuando se partía de 2 μg del ADN extraído. El método se probó con éxito midiendo el grado de metilación del ADN tanto en voluntarios sanos como en ADN de timo de ternera de referencia.