La semilla de coix es una planta medicinal y comestible con ricos valores nutricionales y medicinales. Con la expansión del mercado de consumo de semillas de coix, el problema de la seguridad de las semillas de coix ha atraído la atención a nivel mundial. Los objetivos de este trabajo fueron evaluar la contaminación de mercurio (Hg), plomo (Pb), cadmio (Cd), arsénico (As), cromo (Cr) y 116 pesticidas en semillas de coix recolectadas de 12 regiones productoras principales de semillas de coix en la provincia de Guizhou, China, y analizar los principales contribuyentes de la contaminación por metales pesados y pesticidas en las semillas de coix. Los resultados muestran que los contenidos promedio de Pb, Cd, As y Cr en las 123 muestras de semillas de coix fueron de 0.0069, 0.0021, 0.0138 y 0.1107 mg/kg, respectivamente, mientras que el Hg no se detectó en ninguna muestra de semillas de coix. Entre los cinco metales pesados detectados, solo los contenidos de Cr de tres muestras se encontraron por encima del límite de contaminantes de la norma china GB2762-2017 (CSGB). Un total de 13 pesticidas se detectaron en 29 muestras de siete regiones productoras principales de semillas de coix, lo que representa el 23.6% de todas las muestras. Las tasas de detección de clorpirifos fueron las más altas (8.13%), seguidas por fenpropathrin (4.06%), bifentrina (2.43%) y phoxim (1.62%), mientras que las tasas de detección de los pesticidas restantes fueron inferiores al 1%. Además, el puntaje de riesgo residual de diclorvos fue el más alto de todos los pesticidas detectados. El índice de contaminación y la evaluación de riesgos de metales pesados y residuos de pesticidas indican que las semillas de coix estaban en niveles seguros para su consumo. En el proceso de producción de semillas de coix, el gobierno local debería controlar el suelo en áreas fuertemente contaminadas por metales pesados y fortalecer la vigilancia y orientación sobre el uso científico y racional de pesticidas.