En todo el mundo, existen especies que pueden considerarse como descuidadas o subutilizadas a pesar de sus propiedades nutritivas. En la actualidad, estos cultivos contribuyen a la seguridad alimentaria en áreas aisladas al proporcionar energía y nutrientes en una dieta diversificada. Este patrimonio genético, mejorado por culturas antiguas, está amenazado de perder biodiversidad, así como el conocimiento tradicional asociado con su cultivo y uso. Entre estas especies, los cultivos de raíces y tubérculos andinos (ARTCs) constituyen un recurso valioso que debe ser preservado y popularizado debido a sus propiedades alimenticias y funcionales. Estudiamos tres especies de ARTC (mashua, arracacha y yacon) para proporcionar datos sobre su composición, esenciales para aumentar su uso a nivel mundial. Comparamos sus valores nutricionales con los valores de cultivos más ampliamente utilizados. Se encontraron diferencias importantes en la composición de nutrientes entre las variedades de ARTC. Los nutrientes minerales mostraron diferencias significativas entre las especies. Se encontraron variaciones considerables en los contenidos de prebióticos como fructooligosacáridos o elementos funcionales (antioxidantes y glucosinolatos) entre especies y muestras intraespecíficas. Sin duda, estas especies son activos importantes para complementar la nutrición humana y asegurar el suministro de elementos funcionales para dietas saludables.