Los simbiontes microbianos varían desde mutualistas hasta comensales y antagonistas. Aunque estos roles son distintos en su resultado, también son fluidos en un entorno cambiante. Aquí, utilizamos la simbiosis para investigar cambios a corto y largo plazo en la abundancia poblacional utilizando una metodología de seguimiento efectiva, rápida y de bajo costo. Usamos la reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa (qPCR) para rastrear mutantes previamente generados con etiquetas de firma que apuntan a la inserción del transposón Tn5 y el gen flanqueante. Utilizamos un tipo silvestre altamente beneficioso y mutantes moderadamente beneficiosos y no beneficiosos de sp. nov. para demostrar la especificidad de estos cebadores para estimar la abundancia relativa de cada genotipo dentro de nódulos individuales y después de transferencias seriales a nuevos hospedadores. Para los genotipos moderados y no beneficiosos, la qPCR nos permitió diferenciar genotipos que son fenotípicamente indistinguibles e investigar el control del hospedador con simbiontes subóptimos. Encontramos consistentemente que el tipo silvestre aumentaba en la proporción de la población, pero nuestros datos sugieren un posible compromiso reproductivo entre los genotipos moderados y no beneficiosos. El marco de múltiples generaciones que utilizamos, junto con la qPCR, puede escalarse fácilmente para rastrear docenas de mutantes simultáneamente. Además, estos mutantes pueden ser utilizados para explorar la abundancia de genotipos en presencia de una comunidad de suelo compleja.