El chile (L.) es un cultivo de importancia económica en México, cuya producción está limitada por enfermedades virales causadas por infecciones de Begomovirus como PHYVV y PepGMV, ambas transmitidas por estos virus que afectan tanto a cultivares domesticados como a poblaciones silvestres. El uso de genotipos resistentes es la estrategia más efectiva para reducir la incidencia de Begomovirus. Dado que actualmente no hay cultivares comerciales con resistencia disponibles, en este estudio, 15 accesiones con diferentes niveles de domesticación fueron inoculadas por separado con dímeros infecciosos de PepGMV y PHYVV mediante biobalística, con el fin de identificar fuentes de resistencia genética o tolerancia a estos virus. Se registró la progresión de síntomas (severidad), incidencia, el área bajo la curva de progreso de la enfermedad (AUDPC) y la detección molecular de ADN viral por PCR en plantas asintomáticas. Los resultados de PCR con oligonucleótidos dirigidos a PepGMV y PHYVV mostraron que el 96% de las plantas asintomáticas fueron positivas, confirmando que la replicación viral ocurrió sin el desarrollo de síntomas visibles. Se observaron diferencias significativas entre las accesiones, con accesiones silvestres y semidomesticadas mostrando valores muy bajos de severidad, incidencia y AUDPC. Notablemente, la accesión silvestre Acc-106 exhibió resistencia a PepGMV y tolerancia a PHYVV, con valores mínimos de severidad (0 y 0.13) e incidencia (0% y 13%) a los 35 días postinoculación.