El coco (L.) es ampliamente reconocido como una de las plantas más beneficiosas de la naturaleza. El makapuno, un tipo especial de coco con un endospermo blando y gelatinoso, es un coco comercial de alto valor y una delicadeza costosa con un alto costo de material de plantación. La técnica de rescate de embriones es una herramienta muy útil para apoyar la propagación masiva del coco makapuno. Sin embargo, trasplantar las plántulas es un desafío debido al pobre desarrollo de las raíces, lo que resulta en la incapacidad de la planta para aclimatarse. En este estudio, se utilizó la excisión de la raíz primaria en makapuno para observar los efectos de la excisión de la raíz primaria en el desarrollo de raíces laterales. Los resultados generales mostraron que las plántulas con raíces excisadas tenían un número significativamente mayor de raíces laterales, y la longitud del brote también aumentó significativamente. Utilizando ensamblaje de transcriptoma de novo y análisis de expresión génica diferencial, identificamos 512 genes expresados diferencialmente en las muestras de raíces excisadas e intactas. , que codifica un factor de transcripción sensible al etileno, fue identificado como un gen altamente expresado en raíces excisadas en comparación con raíces intactas, y se consideró un gen candidato asociado con la formación de raíces laterales inducida por la excisión de raíces en el coco makapuno. Este estudio proporciona información sobre el mecanismo y los genes candidatos involucrados en el desarrollo de raíces laterales en el coco, lo que puede ser útil para la futura cría y propagación masiva del coco makapuno a través de cultivo de tejidos.