Pescando las propiedades del sistema inmune innato a través de los datos transcriptómicos de una sola célula de
Autores: Bobrovskikh, Aleksandr V.; Zubairova, Ulyana S.; Doroshkov, Alexey V.
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
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Citaciones: Sin citaciones
El sistema inmunológico innato es la primera línea de defensa en organismos multicelulares. Se considera ampliamente un modelo prometedor para la investigación relacionada con el IIS, con la mayor cantidad de datos de scRNAseq disponibles entre. Resumimos los experimentos de scRNAseq y transcriptómica espacial relacionados con el IIS para el pez cebra y otros del GEO NCBI y el Atlas de Expresión de Células Únicas. Encontramos un número considerable de experimentos de scRNAseq en diferentes etapas del desarrollo del pez cebra en órganos como el riñón, el hígado, el estómago, el corazón y el cerebro. Estos conjuntos de datos podrían ser utilizados para realizar meta-análisis a gran escala y para comparar el IIS del pez cebra con el de los mamíferos. Sin embargo, solo hay un pequeño número de conjuntos de datos de scRNAseq disponibles para otros peces (rodaballo, salmón, pez de cueva y pez dormilón oscuro). Dado que la biología de los peces es muy diversa, sería un gran error utilizar solo el pez cebra en estudios de inmunología de peces. En particular, hay una necesidad especial de nuevos experimentos de scRNAseq que involucren especies no modelo, por ejemplo, especies de larga vida, peces resistentes al cáncer y varios ecotipos de peces.
Descripción
El sistema inmunológico innato es la primera línea de defensa en organismos multicelulares. Se considera ampliamente un modelo prometedor para la investigación relacionada con el IIS, con la mayor cantidad de datos de scRNAseq disponibles entre. Resumimos los experimentos de scRNAseq y transcriptómica espacial relacionados con el IIS para el pez cebra y otros del GEO NCBI y el Atlas de Expresión de Células Únicas. Encontramos un número considerable de experimentos de scRNAseq en diferentes etapas del desarrollo del pez cebra en órganos como el riñón, el hígado, el estómago, el corazón y el cerebro. Estos conjuntos de datos podrían ser utilizados para realizar meta-análisis a gran escala y para comparar el IIS del pez cebra con el de los mamíferos. Sin embargo, solo hay un pequeño número de conjuntos de datos de scRNAseq disponibles para otros peces (rodaballo, salmón, pez de cueva y pez dormilón oscuro). Dado que la biología de los peces es muy diversa, sería un gran error utilizar solo el pez cebra en estudios de inmunología de peces. En particular, hay una necesidad especial de nuevos experimentos de scRNAseq que involucren especies no modelo, por ejemplo, especies de larga vida, peces resistentes al cáncer y varios ecotipos de peces.