La seguridad alimentaria global depende del trigo, el maíz y la soja, sin embargo, su cultivo enfrenta amenazas crecientes de patógenos de la marchitez de la espiga por Fusarium (FHB). Demostramos que la intensificación agrícola permite infecciones radiculares entre reinos en estos cultivos. La evaluación de 180 cepas reveló una infectividad de hospedador tripartita, con la transcriptómica descubriendo estrategias de virulencia adaptadas al hospedador. El análisis del transcriptoma identificó patrones de expresión génica distintos durante la infección de cada cultivo, empleando genes específicos del hospedador, como una transferasa dependiente de fosfato de piridoxal, para la infección de raíces de maíz. El mutante knockout mostró una colonización radicular severamente afectada. Nuestros hallazgos establecen la expresión génica diferencial como un eje regulador para la adaptación entre hospedadores, vinculando directamente los riesgos de transmisión de FHB con la intersiembra de trigo y maíz y las rotaciones de trigo y soja.