El espaciador transcrito interno (ITS) es uno de los más utilizados en la taxonomía del género debido a su evolución generalmente concertada. Aunque se ha informado de la evolución no concertada del ADN ribosómico nuclear (nrDNA) en algunas especies, las características del nrDNA a nivel genómico en el género siguen siendo poco comprendidas. En este estudio, se identificaron 158 polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) y 15 inserciones y deleciones (InDels) dentro de las regiones de nrDNA de 542 accesiones de morera que representan dieciséis especies. Estas amplias ocurrencias de SNPs e InDels heterogéneos revelaron el polimorfismo intraindividual dentro de la región de nrDNA, indicando la evolución concertada incompleta del nrDNA. Notablemente, 66 de los 158 SNPs y 13 de los 15 InDels se localizaron dentro de las regiones ITS (ITS1-5.8S-ITS2), lo que indica un alto grado de polimorfismo en el ITS, que fue validado además a través de metodologías clásicas de clonación y secuenciación Sanger. El InDel de 13/16 pb ubicado en la región ITS1 se utilizó para desarrollar un método basado en un marcador de secuencia polimórfica amplificada cortada (CAPS) rápido y confiable para distinguir . y de otras especies, eliminando la necesidad de un paso de secuenciación basado en clonación o análisis fenotípico comparativo. El análisis filogenético basado en SNPs de nrDNA de 542 accesiones de morera reveló seis clados distintos, correspondientes a las seis especies. Estos hallazgos ofrecen nuevas perspectivas sobre la taxonomía, conservación y mejora de la cría de especies.