El arenque del Báltico es una de las especies de peces capturados comercialmente más abundantes en el Mar Báltico. A pesar del alto contenido de grasa y ácidos grasos omega-3, el consumo de arenque del Báltico ha disminuido drásticamente en las últimas cuatro décadas, principalmente debido a los tamaños pequeños y la dificultad en el procesamiento. Al mismo tiempo, hay una demanda global creciente de pescado y aceite de pescado rico en ácidos grasos omega-3. Este estudio tuvo como objetivo investigar la extracción de aceite asistida por enzimas como un proceso respetuoso con el medio ambiente para valorizar las especies de peces subutilizadas y los subproductos a aceite de pescado de alta calidad para consumo humano. Tres enzimas proteolíticas comerciales diferentes (Alcalasa, Neutrasa y Protamex) y dos tiempos de tratamiento (35 y 70 min) fueron investigados en la extracción de aceite de pescado de pescado entero y subproductos del fileteado de arenque del Báltico. La calidad y estabilidad del aceite fueron estudiadas con análisis de valores de peróxido y -anisidina, análisis de ácidos grasos con GC-FID y compuestos volátiles con HS-SPME-GC-MS. En general, tiempos de extracción más largos resultaron en mejores rendimientos de aceite pero también aumentaron la oxidación del aceite. Para el pescado entero, los rendimientos de aceite más altos fueron de las extracciones de 70 min con Neutrasa y Protamex. La extracción con Protamex durante 35 min resultó en la mejor composición de ácidos grasos con el mayor contenido de ácido eicosapentaenoico (EPA; 20:5n-3) y ácido docosahexaenoico (DHA; 22:6n-3) pero también aumentó la oxidación en comparación con el tratamiento con otras enzimas. Para los subproductos, el rendimiento de aceite más alto se obtuvo de la extracción de 70 min con Protamex sin diferencias significativas en los contenidos de EPA y DHA entre los aceites extraídos con diferentes enzimas. La oxidación fue menor en el aceite producido con el tratamiento de 35 min utilizando Neutrasa y Protamex. Este estudio mostró el potencial de utilizar enzimas proteolíticas en la extracción de aceite crudo de arenque del Báltico y sus subproductos. Sin embargo, se necesita más investigación para optimizar el procesamiento enzimático del arenque del Báltico y sus subproductos para mejorar el rendimiento y la calidad del aceite crudo.