Las fresas son susceptibles a la descomposición y destrucción durante la cosecha y el almacenamiento. Este estudio tuvo los siguientes objetivos: (1) la documentación de hongos y la producción de micotoxinas asociadas con frutas de fresa infectadas; (2) la evaluación de los fitoquímicos primarios mediante cromatografía de gases-espectrometría de masas (CG-EM) y análisis de espectroscopia infrarroja por transformada de Fourier (FT-IR) para identificar la composición química activa de los extractos de algas marinas; y (3) la evaluación de la actividad antifúngica de cinco extractos de algas pardas tanto in vitro como in vivo contra infecciones fúngicas en frutas frescas bajo condiciones de poscosecha. Los hongos más comunes fueron 14.36%, 38.29% y 16.88%. El extracto de acetona tuvo la mayor actividad antifúngica in vitro. Los extractos de metanol de ambos fueron efectivos contra la patogenicidad y agresividad (in vivo) en frutas de fresa poscosechadas. Podrían producir toxinas botridial y dihidrobotridial con concentraciones de 8.14 ug/mL y 4.26 ug/mL, respectivamente. Podrían producir ocratoxina A con una concentración de 10.05 ug/mL. El presente estudio demuestra que los extractos de macroalgas contienen metabolitos secundarios y antioxidantes, lo que indica su potencial utilización en aplicaciones antifúngicas.