Los factores de transcripción (TFs) son importantes reguladores de la transcripción génica involucrados en una multitud de funciones como el desarrollo, el metabolismo y la respuesta al estrés. Los TFs se encuentran en todos los eucariotas, con muchas familias de TFs únicas de plantas y algas. Las algas son de interés debido a una amplia gama de metabolitos novedosos, de los cuales los TFs desempeñan un papel importante en la regulación de su biosíntesis. En particular, las algas rojas (filo Rhodophyta) son una fuente de varios metabolitos importantes que son un enfoque actual de investigación adicional. Sin embargo, hasta la fecha, las investigaciones sobre las familias de TF en los rodofitos han sido limitadas debido a la relativa falta de recursos genómicos disponibles y al pequeño número de análisis in silico de sus TFs. En este estudio, utilizamos datos genómicos y transcriptómicos para identificar TFs de rodofitos. Encontramos que la proporción general de TFs en los rodofitos era en general consistente con investigaciones previas. Sin embargo, por primera vez en la clase de rodofitos Florideophyceae, informamos sobre la presencia de un TF putativo dentro de la familia de TF trihelix (TTF), que son TFs sensibles a la luz asociados con el crecimiento y la respuesta al estrés. En particular, demostramos evidencia que sugiere la presencia de TTFs putativos en tres genomas, así como en varias otras ensamblajes de florideofitos. Esto fue respaldado por análisis que incluían filogenia de Neighbour-Joining, predicción de estructura de proteínas y análisis de motivos. En resumen, esta investigación reportó el repertorio de TFs en algas rodofitas a través de un rango mucho mayor que el reportado anteriormente e identificó TTFs putativos en varias algas de la clase Florideophyceae. Esto abre una avenida para una investigación adicional sobre la evolución de varios TFs en las primeras plantas, así como factores regulatorios clave en el metabolismo de los rodofitos, aunque se requerirá investigación futura, como la caracterización funcional, para confirmar estos hallazgos.